SCP-354 Episode Two é um jogo de ação diferente da maioria. Ao mesmo tempo que apresenta a perspectiva em primeira pessoa do personagem, sendo que os jogadores precisam eliminar uma série de inimigos, ele também precisa coletar informações para entender o que está acontecendo naquele local.
A trama, de um modo geral, consegue misturar elementos de terror e ficção científica. No game o local onde o jogo se passe é identificado apenas como “O Lago Vermelho”, onde são avistadas uma série de criaturas estranhas. O personagem principal é enviado para o local com a missão de descobrir o que está acontecendo.
Na prática o jogo não apresenta muitas dificuldades na hora do gameplay. Tudo que os jogadores precisam fazer é se movimentar pelo cenário, utilizando um mistura de teclado e mouse, e eliminar os inimigos que surgem pelo caminho. Também é importante coletar todos os itens que aparecem na tela para começar a desvendar os segredos.